农业基因组研究所填补一项空白
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农业基因组研究所填补一项空白

2019-10-06 09:11 主页 来源:未知
农业基因组研究所填补一项空白

  “中国猪”的基因组正走上国际化研究道路。近日,由中国农业科学院深圳农业基因组研究所(以下简称“基因组所”)猪基因组设计育种创新团队,于BioRxiv在线发布了中国优良地方猪——陆川猪的高质量基因组序列。该基因组序列的发表,不仅填补了亚洲家猪缺少高质量参考基因组的空白,更为基因组组装提供了新的方向。
 
  我国地方猪群具有丰富的遗传多样性,是深入挖掘猪种肉质品质和抗病力等重要性状优质基因的遗传宝库。然而,随着西方商业猪种的普及,本地猪种受到了非常大的冲击,有些著名地方品种的数量比大熊猫还要稀少,部分品种甚至已经灭绝,地方猪种质资源的保护刻不容缓。
 
  经过不懈的努力与技术攻关,研究团队最终获得了染色体级别的猪基因组序列,contig N50超过了18Mb,Scaffold N50 超过了140Mb。并且利用最新的组装算法和Hi-C技术,获得了完整的两套基因组序列。这是基因组研究领域的重大突破,为研究等位基因的功能互作提供了宝贵的数据和技术基础。
 
  “我们本次组装得到的猪基因组,除了有很高的连续性外,更是成功地获得了2套染色体级别的基因组序列,这在基因组组装研究领域尚属首次。”项目负责人唐中林研究员兴奋地说,这意味着可以同时研究同源染色体的变异,以及来自不同亲本的等位基因功能。